从理论上讲，卵子与精子结合形成胚胎需要孕酮，因为在生育过程孕酮帮助刺激子宫变化，而且可以增加生殖系统血管和组织血流，然后促进胚胎发育。如果孕前期孕酮水平大幅下降，可能容易使未在子宫着床稳定的胚胎停止发育。而在胚胎异常（唐氏或其他染色体异常的胚胎）的情况下，胚胎分泌激素会不足，孕酮也会很低。
黄体功能不全可能是流产的一个原因，但没有很好的指标去诊断黄体功能不全，一次血中孕酮的测定不足以代表整个孕期水平，血中水平未必等于子宫局部水平。而且人体分泌的孕酮代谢很快，抽血后如果不能及时检查，检查结果就会有误差。所以临床才使用孕酮和HCG联合检查的方法，如果只是孕酮低而HCG正常，多半是检查误差，应该复查或以HCG结果为主。
因此，在没有阴道出血、HCG正常的情况下，孕酮低不一定会导致胎停流产。但要是流产后，孕酮肯定是低的，因为身体已经无需激素分泌来支持胚胎发育了。
据调查，有20％～50％孕酮低的孕妇并没有出现过流产症状，但是孕酮低仍然需要密切观察。