如果怀孕前不知道自己患有甲状腺疾病，对母亲和胎儿的影响非常大。由于甲减起病的隐匿性，很多孕妈妈并未察觉到自己患有甲状腺疾病，实际上，甲状腺疾病对妊娠及母婴健康均有不同程度的影响。其中未控制的甲减或甲亢对妊娠及产科并发症的不良影响包括不孕、不育、流产、早产、先兆子痫、充血性心力衰竭、甲状腺危象、胎盘早剥和感染等。
妊娠期甲状腺疾病发病率高、影响广泛，还会对母婴健康造成不良影响。以妊娠甲减为例，其症状包括精力不济、昏昏欲睡、体重增加、怕冷、便秘和记忆力减退等。这些症状易与妊娠反应混淆，且轻度甲减没有或仅有轻微的临床症状，易被忽视。
从优生优育角度考虑，对计划怀孕或已孕女性进行甲状腺疾病的全面筛查是非常必要的，原因是能避免甲减孕妇的胎儿大脑发育障碍及许多产科并发症。建议筛查时间最好是计划怀孕时，或妊娠6周内，越早越好。当然了，整个孕期都可以筛查，总比孩子出生后再查出先天性甲减更好吧，而且妊娠后期甲减的发生率更高。
此外，甲功异常对备孕男性的影响。甲状腺激素减少或增多同样可以影响精子质量，从而造成男性不育症。甲减、亚临床甲减和甲亢的男性，精子成活率、A级精子数量、精子活动能力、精子畸形率、液化时间等各项指标均可以异常，严重时可造成无精子症。