紧急避孕有其独特的优点，也存在一些可能发生的副作用。了解这些副作用，在使用中加以注意和预防，可以充分发挥紧急避孕的作用，将其可能的副作用降至最低限度。 使用紧急避孕药物后可能发生下面这些副作用：
不规则子宫出血：有些妇女用药后会有阴道点滴出血，一般无需处理。
月经改变：多数妇女月经会按时来潮，也有一部分妇女月经提前或延迟。如果月经延迟1周，应该做尿妊娠试验，以明确是否是紧急避孕失败。
恶心：不同的药物发生率不同，其中米非司酮最低，为6%—7%。恶心一般持续不超过24小时。
呕吐：不同的药物发生率不同，左炔诺孕酮约5%，米非司酮约1%。通常认为，与食物同时服用或睡觉前服药可以减少恶心、呕吐的发生率，但无确切的临床资料。
其他：乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等，这些症状一般较轻微，持续时间不超过24小时。乳房胀痛、头痛严重者可用阿司匹林或其他止痛药对症处理。