引起习惯性流产的原因很多，目前已证实，于妊娠早期发生习惯性流产者，5%以上是由于孕妇或其爱人存在遗传基因缺陷或受外界不良环境如放射、药物等影响而导致胚胎染色体异常所造成的。
此外，习惯性早期流产的原因还有黄体功能不全、甲状腺功能减退、子宫畸形、子宫腔粘连、子宫肌瘤等。习惯性晚期流产最常见的原因是子宫颈内口松弛，可因先天性发育异常，也可因分娩、刮宫或子宫颈手术造成，另外，梅毒感染也可导致习惯性晚期流产，这种流产的胎儿都是死胎。
患习惯性流产的妇女在前次流产后，下次妊娠前，应与丈夫一起到医院进行详细的检查，找出病因，然后针对病因进行治疗。因黄体功能不全、甲状腺功能减退等疾患引起的可给药物治疗，因子宫畸形、子宫肌瘤、宫腔粘连引起的可行手术治疗。夫妇双方一方有染色体异常者，胎儿发生染色体异常的可能性极大，即使妊娠后不发生流产而足月分娩，娩出之胎儿畸形发生率也比较高。目前对染色体异常尚无特殊的治疗办法，所以这些夫妇最好避免妊娠。如一定要生育，就必须在妊娠4-5个月到医院抽羊水检查胎儿脱落细胞有无染色体异常，或用B超检查，一经发现胎儿异常应立即中止妊娠，避免娩出畸形胎儿而给社会及家庭造成不幸。因子宫颈内松弛引起的习惯性晚期流产可在妊娠12-20周，于往发生流产的妊娠月份前到医院进行子宫颈内口缝扎手术以紧缩子宫颈内口，手术后在医院卧床休息至以往发生流产的妊娠月份之后，妊娠足月时拆除子宫颈的缝扎线。对病因不明的习惯性流产妇女，在月经稍有过期、有妊娠可能即应卧床，禁止性生活，补充维生素B、维生素C、维生素E、口服镇静剂，消除精神紧张，其卧床、用药时间必须超过以往发生流产的妊娠月份。