胎儿畸形
据报道，在孕早期使用大量的黄体酮，胎儿脊柱、肛门、四肢等部位发生畸形的危险可增加8倍。如果使用人工合成的孕酮（如炔诺酮具有雄性化作用），约有18%的女胎男性化。出现这种结局是很不幸的。因此各位孕期的妈妈们最好谨慎注射黄体酮。
轻度头晕恶心
部分女性在打了黄体酮后，由于体内孕激素剧增，会出现头晕、头痛、恶心、抑郁、乳房胀痛等症状。
长期使用月经减少
长期打黄体酮导致体内孕激素紊乱，可引起子宫内膜萎缩、月经量减少，并容易发生阴道霉菌感染。肝病患者不能口服。
容易让人感到疲劳
打黄体酮后感觉到倦怠感，发热、失眠、黄褐斑等是较常见的副作用之一。但这些副作用都因人而异，出现任何异状都请及时与医生联系，以改善状况。
阴道点状出血
女性在打了黄体酮后，可以使其在月经周期后期使子宫粘膜内腺体生长，子宫充血，内膜增厚，为受精卵植入作好准备。但有部分女性会出现突破性出血，阴道点状出血，体重增加或减少，宫颈鳞柱交界改变，宫颈分泌物性状改变。如果用药后发现有出血状况，请停药并及时联系医生。
肝功能异常
激素对人体的影响较大，有部分女性在注射黄体酮后，特别严重的会出现阻塞性黄疽，肝功能异常。激素过量进入人体，造成代谢障碍，特别是本来就体虚的女性，可能会引起肝脏形态结构的破坏和肝功能的代谢异常。